В 1984-1993 годах работал в ЦНПО «Комета», последовательно занимал должности инженера, старшего инженера, заведующего сектором, заведующего лабораторией по направлению «Спутниковые системы специального назначения и связи». Преподавал на базовой кафедре МИРЭА курс «Антенны и устройства СВЧ». В 1993 году перешел на работу во ФГУП «ГКНПЦ им. М.В.Хруничева». В 1995 году назначен главным конструктором систем связи и информационных технологий, начальником отдела спутниковых систем космического центра. В 1996 году назначен директором подразделения «Хруничев Телеком». В 1997 году занял должность заместителя генерального директора ФГУП «ГКНПЦ им. М.В. Хруничева». В 2003 году стал заместителем генерального директора по информационным технологиям ФГУП «ГКНПЦ им. М.В.Хруничева» - директором филиала «Хруничев Телеком». С 2007 года – директор департамента по новым системным проектам ОАО «Интеллект Телеком». 01 июля 2008 года назначен первым заместителем Генерального директора ФГУП «Космическая связь».

Ю.В.Прохоров являлся руководителем работ по созданию и эксплуатации современных телекоммуникационных систем в интересах космической отрасли (в том числе на космодромах Байконур и Плесецк); а также по созданию бортовых ретрансляторов малых космических аппаратов связи разработки ФГУП «ГКНПЦ им. М.В.Хруничева». Юрий Валентинович руководил внедрением GALS-технологий в системах управления (в том числе по созданию Единой корпоративной системы управления предприятием); возглавлял работы по созданию и эксплуатации российского сегмента системы глобальной персональной подвижной спутниковой связи «Иридиум». Заслуженный испытатель космической техники. Академик Международной академии связи.

Пресс релиз компании в формате Adobe Acrobat, .pdf